一旦确定下来要进行清洗，我们帮您来做出决策，以最大优化清洗效果。并不是所有的污染物可以用同样的化学品或用同样的方法来进行去除，所以第一步通常首先是确定污染物的种类。所以第一步通常首先是确定污染物的种类。如果可以进一步开展调查的话，谨慎的做法通常是看看最近的来水水质是否有波动——如果可以的话，最好也看看RO浓水的水质。另外，检查最近的工厂运行维护日志也是很好的，特别是当标准化数据或原始数据突然出现未知原因导致的衰减时（通常相应系统性能也出现衰减）这些衰减通常与RO系统的预处理变差有关，特别是上游预处理设备。
如果这些间接的方法无法帮您摸清问题的本质（或者至少推测到问题的大方向），那么系统运行团队将面临决策：要么进行标准化在线清洗以寄希望于系统恢复，要么取一只或几只膜进行破坏性剖膜分析以进行污染物确诊。
首先进行的剖膜主要是取系统的一只或多只（通常多只）RO膜，送到PWT实验室进行物理肢解并收集RO膜内部的污染物以进行各种理化分析。剖膜的好处是：通过分析可以确定膜表面和膜内部各个位置的污染物成分，从而能有针对性地准备出清洗方案和清洗药剂配方；剖膜的坏处是：甲方会损失RO膜元件，并不得不花时间等待剖膜分析的结果。
一旦运行团队确诊了污染物，并准备开展清洗，接下来就是要确定清洗剂的种类和用量，以及清洗方案的拟定。这是复杂的一步，因为不同的污染物需要用不同的清洗方法，以及不同的清洗剂组合（包括常规清洗剂和专用清洗剂），以及膜运行人员的经济预算等综合因素。大多数的膜清洗由很多步骤和很多化学品组成，这一复杂的过程需要PWT来为您把关。
在选出常规清洗配方和化学品之后，仍然有很多细节需要加以考虑。清洗药箱的进水、进药、升温所需时间也是需要极度重视的因素。升温环节特别重要，因为加热的清洗液能更有效地溶解和去除膜污染物。标准操作是按照膜商建议的膜耐受温度上限进行升温和清洗。关于pH的极限值也是如此，在膜商允许的膜运行pH上下限开展清洗上下限开展清洗的效果最好。
至于实际清洗的最佳操作，通常公认的溶解和去除污染物最佳方法是交替进行循环步骤和浸泡步骤。每一次循环步骤都能带走污染物，交替进行的每一次浸泡步骤又能从膜表面溶解剥离下来另一层污染物。有些新的系统设计思路（如可以开展正反洗）就是很好的当系统前边的砂滤、滤料或者生化系统出问题时，反洗可以非常有效的去除一段前端膜常见进水流道的严重污染物。反洗对CIP系统的设计要求更复杂，膜浓水的卡箍也要能适应正反冲的模式（老式标准U型卡箍一直以来只允许单向流动）。